Med virkning fra 1. november 2009 er stillingen som leder av KOFA-sekretariatet gjort om til direktør med særlig ansvar for offentlige anskaffelser. Direktøren har det faglige og personalmessige ansvaret for sekretariatet. Fra samme dato er Erlend Pedersen og Marie Trovåg ansatt i to nyopprettede stillinger som gruppeledere i KOFA-sekretariatet.

Målet med endringene er å oppnå en bedre koordinering av virksomheten i Konkurransetilsynet og KOFA, og å styrke den eksterne profileringen av tilsynets samlede virksomhet.

KOFAs sekretariat har vært administrativt underlagt Konkurransetilsynet siden 1. april 2005. I denne perioden har virksomheten i KOFA økt betydelig: Antallet saker er nesten tre ganger så høyt som i 2005, og innføringen av gebyrmyndighet har gitt KOFA større oppmerksomhet. Bemanningen i sekretariatet er også økt betydelig i perioden.

Samtidig har kampen mot konkurransekriminalitet fått økt oppmerksomhet i Konkurransetilsynet. Konkurransedirektøren ønsker nå å knytte virksomheten i KOFA tettere opp mot tilsynets virksomhet, for å hente ut synergi og kunnskap på tvers av de to virksomhetsområdene. Den interne omorganiseringen er en følge av dette.